1 * Alanine pure MM

2 * based on

3 * CHARMM / GAMESS-UK Testcase c28test/alanine_guk.inp

4 *

5

6 open name "ala.rtf" unit 11 card read

7 read rtf card unit 11

8 close unit 11

9

10 open name "ala.prm" unit 11 card read

11 read parameter card unit 11

12 close unit 11

13

14 read sequ ala 1

15 gene mpep setup

16

17 ic param

18 ic seed mpep 1 n mpep 1 ca mpep 1 c

19 ic build

20

21 mini abnr nstep 1 nprint 1

22

23 gete

24 energy

25

26 open write unit 12 card name "alamm_opt.crd"

27 write coor card unit 12

28 * Coordinates after abnr

29 *

30

31 close unit 12